Le microbiote ou les microbiotes ?

Le microbiote intestinal est principalement localisé dans l’intestin grêle et le colon, l'acidité gastrique rendant la paroi de l'estomac quasi stérile. Il est réparti entre la lumière du tube digestif et le biofilm protecteur que forme le mucus intestinal sur sa paroi intérieure (l’épithélium intestinal)².

L’ensemble des bactéries du microbiote intestinal constitue une biomasse considérable estimée à 2 kg pour un homme de 70 kg. Environ un millier d’espèces bactériennes intestinales ont été identifiées, chaque individu en abritant au moins 170. 1/3 des bactéries sont communes à tous les individus tandis que les 2/3 restants sont propres à chacun.

Le microbiote intestinal suit un cycle de maturation tout au long de la vie, et ce dès la naissance. En effet, au cours de la première semaine de vie d’un nourrisson, le tractus digestif est colonisé par un premier groupe de bactéries provenant des contacts humains, principalement de la mère, et de l’environnement. Puis le microbiote intestinal se complexifie, en particulier au moment de la diversification alimentaire, lorsque l’alimentation n’est plus exclusivement à base de lait. Le microbiote intestinal atteint sa maturité vers l’âge de 2-3 ans.

La composition du microbiote intestinal est susceptible d’être influencée par plusieurs paramètres : 

• Le mode d’accouchement 
• L’allaitement 
• Les facteurs génétiques 
• L’environnement 
• L’hygiène de vie (tabac, alcool, stress…) 
• L’alimentation 
• L’âge : le microbiote se développe pendant l’enfance jusqu’à l’âge de 3-4 ans, à l’âge adulte et lors du vieillissement. 

Le microbiote vaginal est principalement composé de lactobacilles (95 %) ainsi que d’autres bactéries de manière minoritaire comme Gardnerella vaginalis, Atopobium vaginae, et Prevotella spp et de champignons comme Candida albicans. 

Ce microbiote chez une femme en bonne santé est donc peu diversifié, dynamique, c’est-à-dire variable dans le temps en fonction de facteurs endogènes (cycle menstruel par exemple) ou exogènes (rapports sexuels, antibiotiques, etc.) avec un haut pouvoir de résilience. 

Le microbiote vaginal évolue tout au long de la vie de la femme et notamment au moment de la puberté, pendant les règles, lors de la grossesse et à la ménopause car il est soumis à l’influence hormonale des œstrogènes.

Le microbiote cutané ou microbiote de la peau représente l’ensemble des micro-organismes vivant sur la peau. Le microbiote cutané se développe au fur et à mesure de l’avancée en âge. Il s’agit du troisième microbiote en importance après ceux de la cavité buccale et du tube digestif¹. Son étude est plus récente que celle du microbiote intestinal dont il se différencie par une moindre densité et une moindre diversité mais avec une richesse supérieure en champignons et en virus.

Le microbiote cutané contribue à la fonction barrière de la peau, la protégeant contre les agressions extérieures.

Contrairement, au microbiote intestinal, le microbiote cutané évolue jusqu’à l’âge adulte. La puberté est notamment un moment important. Des variables telles que l’âge, le sexe, le système immunitaire, le pH, la température du corps ou encore l’humidité vont modifier la composition du microbiote de la peau.

Située à l’entrée du système digestif, la bouche héberge un des microbiotes les plus complexes de l’organisme¹. Ce microbiote varie selon l’environnement considéré en fonction de l’hygiène bucco-dentaire, de la qualité et de la quantité de salive, de l’alimentation et de l’âge de l’individu.

Influencé notamment par le mode d’accouchement et d’alimentation, le microbiote buccal va se constituer à partir de diverses sources, notamment maternelles, et évoluer de manière dynamique pendant les premières années de la vie pour finalement se stabiliser. Les premières bactéries à coloniser la bouche sont des bactéries anaérobies facultatives des genres StreptococcusG et ActinomycesG rejointes ensuite par d’autres bactéries anaérobies strictes appartenant au genre VeillonellaeG et au phylum Fusobacteria. Le microbiote buccal va sans cesse être remanié jusqu’à l’apparition de la denture définitive.

Le microbiote buccal exerce de nombreux autres effets bénéfiques pour l’hôte en contribuant notamment au développement du système immunitaire local. En cas de déséquilibre, il participe aussi au développement de pathologies au niveau local ou à distance.

Chacun des microbiotes peut être concerné par un état de dysbiose. Celui-ci peut impacter différentes fonctions de l’organisme notamment les fonctions digestive, métabolique, immunitaire et neurologique.

L’importance des prébiotiques pour un microbiote en bonne santé

Afin de garder un microbiote bien équilibré, il est important de conserver une alimentation saine et équilibrée. Certains aliments sont particulièrement intéressants à privilégier, notamment les prébiotiques. En effet, les prébiotiques, principalement présents dans les aliments riches en fibres, sont des substances qui vont permettre aux bactéries de se nourrir et de se multiplier.  

On retrouve des fibres comme l’inuline dans la racine de chicorée mais également dans la banane, l’artichaut, le topinambour, l’ail et l’oignon. Les autres sources sont les légumineuses cuites (12 à 17 g par portion de 250 g), les sons de blé (12 g par portion de 30 g) et d’avoine (7 g par portion de 30 g).

Quelle que soit leur composition chimique (inuline, FOS, mélange), tous les fructanes stimulent la croissance sélective de bactéries intestinales spécifiques et bénéfiques pour la santé, principalement les bifidobactéries mais aussi certaines souches de lactobacilles.

Un intérêt croissant est également porté aux fibres capables d’augmenter la prolifération d’autres genres bactériens comme les Eubacterium, Faecalibactrium et Roseburia³. La fermentation des fibres non-digestibles par des bactéries comme les bifidobactéries et les Roseburia, permet notamment l’augmentation de la production d’acides gras à chaine courte comme le butyrate, le propionate et le lactate. Le butyrate est la principale source d’énergie dans les cellules épithéliales. 

Dans certains situations, le soutien du microbiote se fait par le biais d’un régime alimentaire spécifique incluant une suppression de certains aliments et une réintégration progressive à mesure que les inconforts disparaissent.

Parmi ces différents régimes, il existe par exemple le modèle d’épargne digestive qui permet de diminuer la consommation d’aliments moins bien tolérés par les intestins, notamment les FODMAPs.

Les FODMAPs sont des petits sucres qui sont digérés par les enzymes sécrétées par la salive, le pancréas et l’intestin grêle. Lorsque le travail de digestion est insuffisant, les bactéries du côlon prennent le relai, fermentent tous les sucres en surplus, ce qui provoque ballonnements, flatulences, inconforts abdominaux et du transit.

La plupart des FODMAPs (hors polyols) sont riches en prébiotiques, des substances dont se nourrissent les bactéries probiotiques et très appréciées de la flore intestinale.

Ce type de régime s’applique sur les conseils du professionnel de santé. Après un à plusieurs mois de restrictions et en fonction de votre tolérance, les FODMAPs pourront être réintroduits progressivement.

Le terme probiotique dérive de deux mots grecs, προ et βιος, qui signifient « pour la vie ». Il fut introduit pour la première fois en 1965 par Lilly & Stillwell pour désigner des facteurs dérivés de micro-organismes qui stimulent la croissance d’autres micro-organismes⁴. En 1989, Fuller a souligné la nature microbienne des probiotiques et a introduit l’idée qu’ils avaient un effet positif sur l’hôte en améliorant son équilibre intestinal. Aujourd’hui, l’Organisation Mondiale de la Santé définit les probiotiques comme des « micro-organismes vivants qui, lorsqu’ils sont administrés en quantité adéquate, ont des effets bénéfiques sur la santé de l’hôte »⁵.

Ils peuvent être présents ou introduits dans certains aliments ou compléments alimentaires. Les probiotiques les plus fréquemment documentés sont les bactéries lactiques (lactobacilles, streptocoques et lactocoques) et les bifidobactéries.

Pour qu’un organisme soit considéré comme potentiellement probiotique, il doit présenter certaines caractéristiques : des propriétés démontrées, une capacité d’adhésion aux cellules ainsi que sa viabilité et stabilité.

1. Morris J, et al. Chapter 26 : Bacteria and Archea In Biology: How Life Works. Ed WH Freeman and company, New York, 2013; Fig26.23.
2. Lif Holgerson, et al. Maturation of Oral Microbiota in Children with or without Dental Caries. PLoS One. 2015;10:e0128534.
3. Roberfroid, M. B. Health benefits of non-digestible oligosaccharides. Adv. Exp. Med. Biol 427, 211–219 (1997).
4. Lilly DM & Stillwell RH. Probiotics: growth-promoting factors produced by microorganisms. Science 147 (1965).
5. Health and nutritional porperties of probiotics in food including powder milk with live active lactic acid bacteria. Report of joint FAO/WHO Expert Consultation on evaluation and health and nutritional properties of probiotics in food including powder milk with live lactic acid bacteria. Cordaba, Argentina, 1-4 october 2001. FAO; OMS, 2001.